Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белк

• 1 слайд

• 2 слайд

  Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка).
  
  Признаки гомологичности белков
  сходная 3D-структура
  в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность
  разные другие соображения…
  

• 3 слайд

  Гомологи
  
  Ортологи Паралоги Ксенологи ?
  (W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)
  
  

• 4 слайд

  Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию
  Паралоги - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.
  

• 5 слайд

  «Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другой так, чтобы гомологичные фрагменты оказались друг под другом.
  Дом
  Скупидом
  Водомерка ?
  
  Домов---ой Домов-----ой
  Домо-строй Домо-строй
  
  
  Задача выравнивания = задача поиска
  сходства. Сходство  гомология
  ?
  Гэп – пропуск в
  последовательности
  

• 6 слайд

  Гэп – пропуск в
  последовательности
  Как получить «оптимальное» выравнивание?
  Один из способов:
  

• 7 слайд

  Мутации,
  рекомбинация, ….
  ?
  

• 8 слайд

  Example: point mutations
  Silent mutation
  Amino acid change
  Termination
  ATA TGT ATA AAG GCA AAC TCC TGT TAA AC
  
  Ile Cys Ile Lys Ala Asn Ser Cys Stop
  x
  Frame shift
  

• 9 слайд

• 10 слайд

  Domain insertion: “Mosaic proteins”
  
  Structural modules:
  plasminogen kringle domain
  EGF domain
  fibronectin finger domain
  vit. K-dependent calcium-binding domain (osteocalcin)
  
  tissue plasminogen activator
  urokinase
  
  prothrombin
  plasminogen
  Domain origins:
  trypsin-like serine protease
  Mosaic proteins
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  fibronectin
  epidermal growth factor (EGF)
  

• 11 слайд

  Домен – единица
  эволюции, структуры и функции белков.
  
  Домен – компактная, относительно
  независимо сворачивающаяся структура,
  относительно консервативная в процессе
  эволюции.
  Белки могут состоять из одного или
  многих доменов.
  

• 12 слайд

  Бывает и такое….
  (пример структурного выравнивания)
  

• 13 слайд

  
  AAAAAAAAAA AACDEAAAA
  
  
  Что лучше?
  
  AAAAAAAAAA AA---AAAAAAAA
  AACDE-AAAA AACDE----AAAA