Добавить материал и получить бесплатное свидетельство о публикации в СМИ
Эл. №ФС77-60625 от 20.01.2015
Инфоурок / Химия / Презентации / Презентация "Визуализация пространственной структуры молекул"

Презентация "Визуализация пространственной структуры молекул"


  • Химия

Поделитесь материалом с коллегами:

Визуализация пространственной структуры молекул Выполнила: Студентка гр.42 Со...
Одним из важнейших элементов химического исследования является анализ геометр...
Рассмотрим одну из наиболее популярных программ, позволяющих решать задачи р...
Визуализация молекулярных структур с использованием программы HyperChem Польз...
Простейшим способом создания молекулярной структуры является создание двумерн...
Панель управления HyperChem Draw Создание атомов и молекул Select Удаление не...
Панель управления HyperChem TranslateПеремещать Z-TranslateПеремещение по оси...
Определение геометрических параметров молекулярной модели Путем выделения раз...
Пример Нарисуем молекулу: Для того чтобы сделать кольцо ароматическим, дважды...
Структура может быть ориентирована в зависимости от того, как были позиционир...
Атомные характеристики Чтобы получить информацию по характеристикам атомов, п...
Измерение длин связей Если выбрать связь, а не атом, то в строке состояния бу...
Измерение валентных и двугранных углов Для того чтобы измерить валентный угол...
Для измерения расстояний и углов между валентно не связанными атомами включит...
 Спасибо за внимание!
1 из 18

Описание презентации по отдельным слайдам:

№ слайда 1 Визуализация пространственной структуры молекул Выполнила: Студентка гр.42 Со
Описание слайда:

Визуализация пространственной структуры молекул Выполнила: Студентка гр.42 Солохина И.С

№ слайда 2 Одним из важнейших элементов химического исследования является анализ геометр
Описание слайда:

Одним из важнейших элементов химического исследования является анализ геометрической структуры соединений. Эта область науки получила название структурная химия. Структурные формулы отражают связанность различных атомов в молекуле друг с другом. Брутто-формула не всегда позволяет передать взаимосвязи между атомами, в связи с чем возникает необходимость отображения структуры в виде геометрического образа - задача визуализации структуры.

№ слайда 3 Рассмотрим одну из наиболее популярных программ, позволяющих решать задачи р
Описание слайда:

Рассмотрим одну из наиболее популярных программ, позволяющих решать задачи редактирования структурных формул химических соединений и визуализации: HyperChem

№ слайда 4 Визуализация молекулярных структур с использованием программы HyperChem Польз
Описание слайда:

Визуализация молекулярных структур с использованием программы HyperChem Пользовательский интерфейс программы HyperChem во многом аналогичен программам пакета ChemOffice. Вверху экрана, как и в других приложениях Windows, располагается главное меню, чуть ниже его находится панель управления. Окно посередине - поле визуализации. Здесь будут отображаться все нарисованные вами молекулярные структуры. По умолчанию поле визуализации имеет черный фон. При желании цвет фона можно изменить. В нижней части экрана располагается статусная строка, в которой в зависимости от режима работы программы отображается ход вычислительного процесса, подсказки или результаты вычислений. В правом углу строки состояния высвечивается сокращенное название модуля вычислительного алгоритма, который в данный момент используется программой.

№ слайда 5
Описание слайда:

№ слайда 6 Простейшим способом создания молекулярной структуры является создание двумерн
Описание слайда:

Простейшим способом создания молекулярной структуры является создание двумерной структурной формулы данного соединения в каком-то из двумерных химических редакторов, с которым HyperChem поддерживает интерфейс через буфер обмена Windows, и копирование этой формулы в поле визуализации. Такой интерфейс поддерживается с редактором ChemDraw. Поэтому, если необходимо создать сложную структуру, используется ChemDraw, а затем простым копированием переносится в HyperChem. Она автоматически преобразуется в трехмерный вид. Например, двумерная модель молекулы 2-метил-З-фенил- гексана, нарисованная в редакторе ChemDraw, может выглядеть следующим образом: После копирования ее в буфер обмена Windows и вставки в окно визуализации HyperChem она автоматически преобразуется в трехмерную.

№ слайда 7 Панель управления HyperChem Draw Создание атомов и молекул Select Удаление не
Описание слайда:

Панель управления HyperChem Draw Создание атомов и молекул Select Удаление не нужных вариантов Rotate out-of-planeВнеплоскостноевращение Rotate in-planeВращение в одной плоскости

№ слайда 8 Панель управления HyperChem TranslateПеремещать Z-TranslateПеремещение по оси
Описание слайда:

Панель управления HyperChem TranslateПеремещать Z-TranslateПеремещение по осиZ Zoom Изменение масштаба Z-clipping planes Создание сечениямолекулы двумя секущими плоскостями

№ слайда 9 Определение геометрических параметров молекулярной модели Путем выделения раз
Описание слайда:

Определение геометрических параметров молекулярной модели Путем выделения различных частей молекулы вы можете измерять длины связей и углы, а также отображать характеристики атома, такие как заряды и X,Y,Z координаты. Как нарисовать молекулу: Откройте программу HyperChem Выберите инструмент рисования (Drawing tool). Необходимо убедиться, что базовым элементом является углерод. Для этого дважды щелкните левой кнопкой мыши по кнопке Drawing tool: выберите углерод. Для того чтобы пронумеровать атомы откройте диалоговое окно Labels (Метки). Выберите Number (Номер) как метку атомов и нажмите ОК.

№ слайда 10 Пример Нарисуем молекулу: Для того чтобы сделать кольцо ароматическим, дважды
Описание слайда:

Пример Нарисуем молекулу: Для того чтобы сделать кольцо ароматическим, дважды кликнем по кольцу. Кольцо отображается пунктирными линиями. Изменим тип атома 8 с углерода на азот, а тип атома 9 с углерода на кислород. Открываем диалоговое окно таблицы элементов и установим базовый элемент на азот. Щелкните по атому номер 8 для того, чтобы изменить его на азот. Теперь установим базовый элемент на кислород. Щелкнем по атому номер 9 и изменим его на кислород. Преобразуем рисунок в 3D- структуру.

№ слайда 11 Структура может быть ориентирована в зависимости от того, как были позиционир
Описание слайда:

Структура может быть ориентирована в зависимости от того, как были позиционированы исходные атомы. Иногда молекулярный построитель переориентирует молекулярную структуру. Молекула строится с некоторым набором параметров по умолчанию, которые мы можем изменить.

№ слайда 12 Атомные характеристики Чтобы получить информацию по характеристикам атомов, п
Описание слайда:

Атомные характеристики Чтобы получить информацию по характеристикам атомов, прежде всего проверьте в меню Select, чтобы пункт Atoms был выбран, a Multiple Selections - нет. Нажмите кнопку Selection tool (Инструмент выделения). Выберите атом кислорода. Выбранный атом подсвечивается, и характеристики атома появляются в строке состояния. Строка состояния отображает атомный номер, тип атома, заряд для силового поля ММ+ молекулярной механики. Также отображаются X,Y,Z координаты атома.

№ слайда 13
Описание слайда:

№ слайда 14 Измерение длин связей Если выбрать связь, а не атом, то в строке состояния бу
Описание слайда:

Измерение длин связей Если выбрать связь, а не атом, то в строке состояния будет отображена информация по этой связи. Чтобы измерить длину связи, необходимо щелкнуть по углерод-кислородной связи. Связь будет подсвечиваться, а ее длина будет отображена в строке состояния. Откройте меню Build. Когда мы выбираем связь, пункт Constrain Bond Length становится доступным. Это позволяет нам изменить длину связи, определив, таким образом, пользовательскую длину связи для молекулярного построителя.

№ слайда 15 Измерение валентных и двугранных углов Для того чтобы измерить валентный угол
Описание слайда:

Измерение валентных и двугранных углов Для того чтобы измерить валентный угол между тремя смежными атомами, удерживая левую кнопку мыши, проведите указатель мыши между двумя атомами, которые соединены с общим третьим атомом. Выделенный угол будет подсвечен, и его величина появится в строке состояния. Валентные углы, устанавливаемые по умолчанию молекулярным построителем, базируются на гибридизации и могут быть тетрагональными (109°), тригональными (120°) и линейными (180°). Когда мы выбираем валентный угол, пункт Constrain Bond Angle в меню Build становится активным, что позволяет установить новое пользовательское значение валентного угла.

№ слайда 16
Описание слайда:

№ слайда 17 Для измерения расстояний и углов между валентно не связанными атомами включит
Описание слайда:

Для измерения расстояний и углов между валентно не связанными атомами включите пункт Multiple Selection в пункте меню Select. Если выделить два валентно не связанных атома, то в статусной строке автоматически будет отображено расстояние между ними. При выделении трех валентно не связанных атомов в статусной строке будет отображено значение угла, который они образуют (Improper angle). При выделении четырех валентно не связанных атомов статусная строка будет отображать значение двугранного угла между ними (Improper torsion angle).

№ слайда 18  Спасибо за внимание!
Описание слайда:

Спасибо за внимание!


Автор
Дата добавления 25.10.2016
Раздел Химия
Подраздел Презентации
Просмотров64
Номер материала ДБ-289935
Получить свидетельство о публикации

Похожие материалы

Включите уведомления прямо сейчас и мы сразу сообщим Вам о важных новостях. Не волнуйтесь, мы будем отправлять только самое главное.
Специальное предложение
Вверх